SMPK Giovanni Kupang merupakan lembaga pendidikan yang mengedepankan Profesionalitas menyiapkan sumber daya manusia yang berkualitas, meningkatkan inovasi, pengabdian, serta kemitraan dengan berbagai industri dan lembaga. Dengan potensi, sumber daya dan fasilitas yang dimiliki, SMPK Giovanni Kupang mampu melaksanakan kegiatan belajar mengajar yang sangat bermutu bagi anak.
Para alumni sekolah ini sudah menyebar di masyarakat, mereka sudah ada yang menjadi pengusaha sukses di Kota Kupang dan NTT pada umumnya, pejabat di lingkungan birokrasi di Kantor Gubernur dan di berbagai instansi lainnya. Bahkan ada yang pernah menjabat sebagai Gubernur NTT, Herman Musakabe, Ketua DPRD Kabupaten Kupang, Tabais Kefan, Bupati Timor Tengah Selatan (TTS), Daniel Banunaek dan ribuan alumni lainnya.
Sejak berdiri tanggal 1 Agustus 1950, sekolah ini sudah meluluskan 7.114 orang yang saat ini duduk di instansi pemerintah dan swasta di daerah dan nasional, bahkan di luarnegeri.
Sejarah Berdirinya SMPK Giovanni Kupang
Pemberian nama SMPK Giovanni secara resmi terjadii pada tanggal 11 Januari 2003, melalui surat keputusan Nomor : 044.4/TU/497/2003 . Sekolah ini berada dalam naungan Yayasan Swastisari (Yaswari) Kupang.
Sebelumnya, pada awal berdirinya, sekolah ini diberi nama SMPK Frater Kupang. Nama ini pertama kali diberikan oleh Kongregasi Bunda Hati Kudus (BHK) sama seperti SMPK Frater Ndao-Ende atau SMPK Frater Maumere dengan kepala sekolah pertama pada waktu itu Fr. Alberitus, BHK, (1950-1960).
Pembangunan pertama dimulai dengan bangunan berdinding bebak dengan tiga ruang kelas. Namun setelah berkembang, oleh para frater BHK, sekolah ini kemudian perlahan-lahan dibangun tembok dengan enam ruang kelas yang masih terpakai sampai saat ini.
Hingga kini, sudah 13 kepala sekolah yang dipercayakan untuk memimpin sekolah ini. Deretan kepala sekolah antara lain, Fr. Alberitus, BHK (1950-1960), Fr. M Achiles Seoradji, BHK (1960-1969), Petrus Kia Hipir (1969-1978), Sr. Maria Dolorosa, S.Sp.S (1978-1987), Sr. Dra. MD Lusi Mulyani, CB (1987-1988), Fr. Yasintus, BHK (1988-1989), Drs. Petrus Lobo (1990-1992), PS Korebima (1989-1990 dan 1992-1999), Yoseph Lewar (1999-2005), Drs. Urbanus Boli Duhan (2005-2012), Br.Drs.Yohanes Parjiya, CSA (2012-2013), Drs. Bruno Attawuwur (2013 – 2016) dan Kornelis Seran Nahak, S.Pd, M.Hum (2016 – sekarang).
